Program javna odgovornost i transparentnost kreiran je u avgustu 2015. godine od strane tima Instituta sa idejom da podrži neophodne reforme u javnim institucijama, lokalnim samoupravama i to povećanjem transparentnosti i javne odgovornosti tih institucija. Imajući u vidu više od 70% svih reformi koje Srbija mora usvojiti na putu ka punopravnom članstvu u EU, treba da budu apsorbovane i realizovane od strane lokalnih vlasti i samouprava, u okviru ovog programa sprovodimo aktivnosti koje za cilj imaju povećanje kapaciteta javnih institucija. U ovom programu, Institut se zalaže za šire učešće građana koji se gradi na tri slobode. Promovišemo slobodu izražavanja, okupljanja i udruživanja. Aktivnosti u ovom odeljenju zasnivaju se na gore pomenutim slobodama i sprovode se kroz ne-projektne aktivacije Instituta. U okviru ovog programa Institut organizuje različite događaje, javne rasprave, debate za stručnjake i građane, gde se mogu informisati o aktuelnim i budućim perspektivama evroatlantskih integracija Srbije. Glavni cilj ovog programa je da građanima omogući razmenu i dobijanje tačnih, proverenih informacija i činjenicama o političkim i bezbednosnim procesima u srpskom društvu i glavnim preprekama u vezi sa evroatlantskim integracijama Srbije.
U fokusu rada Instituta za evropske poslove je praćenje pregovora Srbije sa EU i jačanje kapaciteta svih uključenih u procesu. Imajući u vidu složenost i dugotrajnost ovog procesa, Institut okuplja veliki broj stručnih saradnika sa kojima organizuje treninge, debate i druga usavršavanja zato što želimo da svojim radom doprnesemo boljem razumevanju evroatlantskih integracija. Institut radi na organizovanju treninga i pružanju multiperspektivnih informacija kako bismo omogućili aktivno učešće stručne javnosti i građana u procese donošenja odluka. Institut aktivno zagovara i zalaže se za temeljne reforme u okviru pegovaračkog procesa i u saradnji sa partnerima jačamo kapacitete Srbije da se suoči sa izazovima u globalnom svetu kroz zajedničko delovanje, koje za krajnji cilj ima aktivno članstvo Srbije u evroatlantskim okvirima za dobrobit svih građana.