Program ljudska i manjinska prava se fokusira na obrazovanje mladih profesionalaca i državnih službenika iz oblasti društvenih nauka sa posebnom pažnjom na studente i postdiplomce sa fakulteta političkih nauka, prava, filozofskog fakulteta i studija bezbednosti. Tim instituta redovno učestvuje u desetinama aktivnosti koje organizuju partneri i kolege gde promovišemo toleranciju, ljudsko dostojanstvo i demokratiju. Primarni cilj programa je razvijanje kritičnih pozicija prema društvenim fenomenima, razvijanje kulture dijaloga, podsticanje tolerancije i solidarnosti i razvijanje svesti o ravnoteži između prava i odgovornosti. Program se bavi temama kao što su suočavanje sa ratnom prošlošću, promocija ljudskih i manjinskih prava među državnim službenicima i zaštita branitelja ljudskih prava. Projekti u ovkviru ovog programa imaju za cilj da doprinesu dubljem razumevanju ljudskih prava, ali i razumevanju prepreka i izazova pripadnika različitih manjina u Srbiji i izazovima sa kojima se sočavaju branitelji ljudskih prava.
Glavne aktivnosti u ovom programu su obuke za državne službenike, advokate, sudije i tužioce, policijske službenike i policijske inspektore. Tim Instituta takođe organizuje debate o zaštiti ljudskih i manjinskih prava. Drugi način ispunjavanja ciljeva u okviru ovog programa je snažna i intenzivna online kampanja na društvenim mrežama, putem kojih se građani povremeno obaveštavaju o izazovima zaštitnika ljudskih prava i problemima ili čak pretnjama sa kojima se oni suočavaju.
